专业的主机商（比如：dreamhost）给予用户的shell帐号和FTP帐号、执行PHP的帐号是相同的，不会有权限问题。
但有时候用户自己配的服务器环境是这样的：
WEB服务器（以apache为例）的运行帐号假设是www（以PHP模块执行时以apache的执行帐号为准，CGI、FastCGI方式执行PHP时，以php的执行帐号为准），shell的帐号是root或其他个人帐号，这样在执行操作后就可能出现文件写入权限问题。
比如：你在后台以root执行了php /var/www/xxxx/akcms/tools/xxxx.php命令，在执行过程中程序可能会写一些日志、生成一些缓存等，这些文件都是root创建的，所有者都是root（依赖于设置等）。这时候再回到WEB端，通过网页访问AKCMS程序就可能会提示“某某文件写入不了”，在不同的服务器环境下，还可能虽然不报错，但是会出现内容不更新等莫名其妙的问题。这是因为apache等的运行帐号www并没有root的文件的写入权限导致的。
命令行这么危险，那谁还敢用呢？其实只要合理配置，是不会出现问题的。
办法一：以帐号执行命令行程序，这是最省事、也最安全的办法，就像Dreamhost
办法二：人工设置文件权限，参见《解决写入权限问题》